Para crear una aplicación web usando php y mysql se pueden tener en cuenta lo siguiente:
1. Diseñar la aplicación. Antes de empezar a codificar nada se puede tomar lápiz y papel y diseña la base de datos, las entradas (formularios) y salidas (reportes) y todo lo que se vaya a necesitar.
2. Decidir el patrón de arquitectura que va a usar la aplicación: Los programadores principiantes tienden a mezclar todo el código, es decir, en un solo archivo va código HTML con PHP con CSS con Javascript. Usando un patrón adecuado se puede separar la aplicación en componentes lógicos que a larga facilita su creación y su mantenimiento. Cuando no se usa un patrón de arquitectura se dice que es una aplicación monolitica, donde todo va mezclado. El patrón de arquitectura más usado es el MVC (Modelo - Vista - Controlador).
3. Decidir si se va a usar un framework. El framework provee una forma de trabajar estandarizada y muchas herramientas. Una ventaja es que te 'obliga' a ser organizado, te fuerza a usar un patrón de arquitectura, te ahorra tiempo al crear tu aplicación cuando ya lo has aprendido a manejar. La principal desventaja es que puede ser un poco dificil y lento de aprender. Un framework muy usado con php es Laravel. Hay que aclarar que no es necesario usar un framework para crear la aplicación.
4. Usar un editor de texto. Allí vas a codificar los diferentes archivos que vas a necesitar. Puedes usar algo tan simple como el bloc de notas de windows pero otras opciones como Atom y sublimetext te colorean la sintaxis, te ayudan a organizar el código y te ofrecen herramientas adicionales.
5. Usar un software para el control de versiones. El más usado es GIT. Es especialmente importante usar un software de control de versiones como GIT sobre todo si son varios programadores los que están involucrados en un proyecto. Además, es la forma más 'correcta' o profesional de trabajar. También se sugiere crear un repositorio remoto.
6. Usar el servidor local + php + mysql + phpMyAdmin. Hay varias opciones: XAMP, WAMP server o mi favorito Appserver.